طرح «مکتب ایرانی» ‌از سوی جریان حاشیه‌ساز دولت و حمایت و تبیین و توجیه این نامگذاری موجی از نقد و تحلیل و چرایی را به همراه داشت. همه تحلیل‌ها و برداشت‌ها از طرح این مسئله را می‌توان در سه دسته طبقه‌بندی کرد. البته اگر طراحان موضوع، منطق و منظور خود را به صورت شفاف و اقناع‌‌‌کننده اعلام می‌داشتند،

شاید این دسته‌بندی اتفاق نمی‌افتاد؟ دسته‌ای این نامگذاری را به ناسیونالیسم ایرانی و همچنین باستان‌گرایی و باستان‌سرایی نسبت دادند و تبار‌شناسی و دیرینه‌شناسی جریان‌های حاشیه‌ساز دولت نسبت به کوروش و نوروز، این گمانه را تقویت کرد. دسته دوم و برخی از وهابیون این نامگذاری را به قرائتی خاص و متمایز از اسلام ارجاع دادند که خاص ایرانی‌هاست. وهابیون این موضوع را به صفویه نسبت دادند و آنان را سازندگان مکتب تشیع خواندند و بیان این موضوع توسط قوه ‌مجریه را به مثابه تأییدی بر ادعای خود اعلام کردند. دسته سوم این نامگذاری را به تفکرات اطرافیان رئیس‌جمهور نسبت دادند. این دسته بر این باورند که آقای مشایی و دوستانش به دنبال قرائتی متمایز از اسلام و ایران و مهدویت و باستان‌گرایی هستند و نام قرائت خود را «مکتب ایرانی» گذاشته‌اند و... همچنان طرح چنین مسائلی از طرف دستگاه اجرایی کشور و شأن و صلاحیت آنان در این‌باره مورد سؤال و پرسش است. سؤال اساسی این است که رفع کدام مشکل از مردم یا امنیت ملی سبب این نامگذاری شده است و چرا افکار عمومی آن را نمی‌فهمند. چرا توسط کسانی مطرح می‌شود که به جهت تحصیلی نیز دستی بر آتش علوم‌انسانی نداشته‌اند. مسئله اسلام و ایران و همسویی، تقابل و تفوق این دو در 150 سال گذشته معمولاً محل مناقشه روشنفکران بوده است. روشنفکران نسل اول از تحیر نسبت به رشد و پیشرفت اروپا، به این باور رسیدند که رمز عقب‌ماندگی ایران، اسلام است و در صدر مشروطه، بی‌رحمانه بر اسلام تاختند. آنان چنان به این باور رسیده‌ بودند که ‌به‌‌رغم روشنفکری، رضا‌خان مستبد را به خاطر مخالفت با اسلام و توسعه‌ ایران منهای اسلام همراهی کردند و ننگ بزرگی را در پرونده روشنفکری ثبت کردند. نیرو‌های مؤمن به انقلاب اسلامی، قرائت از اسلام و ایران و نسبت این دو را به اندیشه و نگاه حضرت امام (ره) ارجاع می‌دهند.
امام‌(ره) ملی‌گرایی را اساس بدبختی ما می‌دانستند. اما این بدان معنی نبود که امام عرق ملی و ایرانی نداشت. امام بار‌ها از «هویت ایرانی- اسلامی» نام می‌بردند و یکی از دستاورد‌های جنگ تحمیلی را «تقویت حس وطن‌دوستی»‌ ایرانیان می‌دانستند. اما آن فقیه بزرگ می‌دانستند که کجا و چگونه ایران به میدان می‌آید و چگونه ناسیونالیسم ایرانی در دین اسلام‌سیاسی پذیرفته می‌شود. به طور مثال امام خمینی(ره) مسئله شهادت در جنگ تحمیلی را به ایران نسبت نمی‌دادند. زیرا کشته شدن برای خاک و وطن را هم تراز شهادت نمی‌دانستند. امام خمینی شهادت را صرفاًٌ در مسیر قرب‌الهی تفسیر می‌کردند. به همین دلیل تأکید داشتند که: «اگر بگوییم در قبال خون شهیدانمان خرمشهر یا شهر‌های دیگر را آزاد کردیم، این پایین‌آوردن ارزش شهادت و خیال باطل ملی‌گرا‌هاست». امام(ره) نسبت به کسانی که بخواهند ایران را در مقابل اسلام قرار دهند به‌شدت می‌تاختند، به همین دلیل ملی‌گرا‌ها و اعضای جبهه‌ملی را به ادعای دروغین ملی‌گرایی متهم می‌کردند، چراکه وطن‌دوستان واقعی ایران، خود را در مقابل اسلام قرار نمی‌دهند. شهید آوینی در تبیین چگونگی ممزوج شدن اسلام و ایران معتقد است: «هرچند حزب‌الله وطن خود را دوست دارد اما از تعلقات جغرافیایی آزاد است. وطن او اسلام است. ما از آن‌رو ایران را دوست داریم که به عنوان مسلمان در آن پرورش یافته‌ایم... ایران امروز مرکز آن نور مقدسی است که در ظلمات این عصر درخشیدن گرفت و تا ظهور منجی عالم شعله‌ور خواهد بود.» بنابراین ما ایرانیان بخشی از مسلمانان هستیم که به امت مسلمان تعلق داریم و از آنجا که خود را پیشتاز مبارزه با کفر و شرک و استکبار می‌دانیم نمی‌توانیم از الفاظ و عناوین تقلیل‌گرایانه برای خود استفاده کنیم. امام خمینی بعد از استقرار نظام اسلامی نه‌تنها از ایران که از تشیع نیز به صورت برجسته استفاده نمی‌کردند. امام «اسلام ناب محمدی‌(ص)»‌ را بال مرکزی گفتمان خویش قرار داده بودند و ایران را به عنوان محل استقرار این پرچم مقدس می‌دانستند. هر‌گونه تمایزی که فاصله بین مسلمانان ایجاد می‌کرد را مذموم می‌دانستند به همین دلیل معتقد بود که ملی‌گرایی که ایران را مقابل عراق و... قرار دهد مورد تأیید اسلام نیست. به تعبیر دیگر امام برتری‌ نژادی و فردی را مخالف اسلام می‌دانستند و به‌شدت از آن پرهیز داشتند بنابراین ایرانیان مکتب خاصی از اسلام نیستند و اسلام نیز مکتب خاص و ویژه ایرانیان نیست.
مقام معظم رهبری که تجربه تاریخ معاصر ایران و اسلام را به خوبی می‌دانند، دولتیان را به ایران پس از اسلام ارجاع دادند تا ساده‌اندیشان و مغرضان نتوانند بین اسلام و ایران فاصله ایجاد کنند. بالاخره در نگاه به ایران باید بین دولت جمهوری اسلامی ایران با شیرین عبادی و رضا پهلوی تفاوتی وجود داشته باشد. تأکید بر باستان‌گرایی و کورشیسم این فاصله را کم می‌کند و تأکید بر اسلام و ایران و خدمات متقابل اسلام و ایران این فاصله را با دشمنان برجسته می‌نماید. در طول تاریخ معاصر ایران، هر فرد یا جریانی که درصدد تقابل با اسلام و ایران برآمده است از حیز انتفاع ساقط شده است.
حال چه این مسئله به اسم اسلام باشد و چه به نام ایران، ما در جغرافیای ایران زندگی می‌کنیم و نمی‌توانیم آن را نادیده بگیریم، اما مسلمان هستیم و جزئی از پیکره بزرگ مسلمانان. بنابر‌این ما ایرانیان مسلمان هستیم که بین خود و امت اسلامی فاصله‌ای نمی‌بینیم و «ملت» را اساس ایران‌گرایی و جزئی از امت بزرگ می‌دانیم. قرائت ایرانیان از اسلام قرائتی متمایز نیست. اسلام رسول‌الله غایت اندیشه سیاسی الهی امام بود و اصولاً پرداختن به چگونگی تعامل و تقابل اسلام و ایران مسئله‌ای انحرافی است که در سپهر ملت و نظام چیزی از آن‌جا نمی‌گیرد. هنوز نیرو‌های مؤمن به انقلاب منتظر پاسخی قانع‌کننده از طراحان این مسئله‌اند. امید است آنان رهنمود مقام معظم رهبری را جدی تلقی و در گفتمان خویش آن را ملموس نمایند و اگر از بی‌سوادی یا بی‌بصیرتی یا کج‌فهمی یا مصلحت‌های بی‌مورد به این مسئله پرداخته‌اند با شجاعت از مردم و همه مسلمانان جهان عذرخواهی نمایند و از اینکه جزیره‌ای بودن مسلمان ایرانی را به رسانه‌ها القا کردند از درگاه الهی نیز توبه‌خواهی نمایند.